В залах Музея деревянного зодчества представлена экспозиция в форме последовательного рассказа об истории деревянного строительства и развития архитектурного декора города Томска.
В основе экспозиций лежит коллекция «Музея деревянного зодчества». Это многочисленные деревянные фрагменты домов, в основном наличники окон, пилястры, карнизы и другие образцы резного декора.
Вниманию посетителей предлагаются выставки работ мастеров по художественной обработке дерева.