Постоянная экспозиция музея, расположенная на 200 кв. метрах, включает реконструированный тюремный коридор, восстановленный интерьер камер следственной тюрьмы с использованием подлинных тюремных дверей и нар, макетов и симулякров.
В четырех залах (бывших камерах) расположены постоянные экспозиции: «Кабинет следователя», «Большой террор», «Расстрельный крест», «Колпашевский яр», «Белостокская трагедия», «Они тоже ковали победу», а также персональные стенды с биографическими материалами и документами, в том числе – поэта Николая Клюева и философа Густава Шпета, расстрелянных в Томске. Среди экспонатов – копии и подлинные документы следственных дел, вышивки, картины, рисунки, игральные карты, фотоальбомы, поделки из дерева и камня, изготовленные в лагерях и ссылках.